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[中国科学报]中科院微生物所:数据支撑 助力科技“战疫”

作者: 發布時間:2020.02.24 文章來源:

作者:冯丽妃 来源:中国科学报 发布时间:2020/2/22

 

  在此次疫情防控攻堅戰過程中,2020年春節前一天,采集自湖北武漢一名臨床患者的病毒毒株和電子顯微鏡照片等信息發布後,很快便吸引了媒體的注意力,申請使用相關信息的用戶不乏許多英美知名媒體。 

  這些信息正是來自于當天開通的新型冠狀病毒國家科技資源服務系統。“這個系統的特點是把實物資源優勢和信息技術能力相結合,加強我國研究成果的開放性。”221日,國家微生物科學數據中心主任馬俊才告訴《中國科學報》。 

  據介紹,目前該系統已在最初的病毒資源和信息基礎上增加了多個信息板塊。馬俊才表示,下一步該系統將在更新現有資源和信息的基礎上,增加數據分析和數據挖掘功能等板塊,助力防疫攻堅。 

 

  優勢結合 1+1>2 

 

  2020年春節前夕,在中科院微生物所的一間會議室,該所馬俊才和前來所裏的國家疾控中心研究員魏強做了一次“頭腦風暴”。討論的內容是如何結合雙方的優勢,開發一個支撐新冠病毒研究的系統平台。 

  馬俊才牽頭的國家微生物科學數據中心具有信息平台的優勢,而魏強帶領的國家病原微生物資源庫有毒株實物資源。疫情爆發之初,兩人就一直在思考和討論如何更好地爲抗擊疫情服務。當天討論後不久,124日,新型冠狀病毒國家科技資源服務系統上線了。 

  這便有了本文開頭的那一幕。當天,服務系統開通3小時後,美國CNN就報道了新冠病毒的毒株信息和電鏡照片。次日,英國路透社希望獲得電鏡照片的使用權。隨後,新聞聯播報道了國家疾控中心通過該服務系統發布毒株的信息 

  “通過這個平台,不僅能看到中國科學家的研究進展,還能看到中國科研團隊的研究成果、毒株等科學數據,說明了我國研究成果的開放性。”馬俊才說。 

  據了解,從124日到24日,在短短十天內,新型冠狀病毒國家科技資源服務系統訪問量便達到625.7萬人次。 

  不止如此,除了重點發布此次疫情相關的毒株資源及科學數據之外,該系統還綜合了病毒檢測方法、基因組、科學文獻等綜合信息,並爲應對新型冠狀病毒感染的肺炎疫情防控提供科技資源專題服務。 

 

  共享“基因” 助力战“疫” 

 

  大疫當前,共享病毒基因組數據成爲全球科學家的呼聲。這一次,由中科院微生物所主持的國家微生物科學數據中心再度發力。 

  218日,該中心發布“全球冠狀病毒組學數據共享與分析系統”(http://nmdc.cn/#/coronavirus)。目前,該數據庫共整合包括此次新冠病毒基因組數據在內的全球冠狀病毒基因組3135個,核酸序列32865條,來自于20241個毒株,分離自496個不同宿主類型和568采集地。 

  “這些病毒序列信息,包括感染日f暮筒桓腥救說摹N覀兿M盡可能滿足科學家不同的研究的需求。”馬俊才比如該所研究員齊建勳通過國家微生物科學數據中心的數據平台,發布2019新型冠狀病毒蛋白(S蛋白)受體結合區域(RBD)和人受體ACE2複合物的超高分辨率晶體結構,首次揭示S蛋白如何與受體ACE2在原子層面相互作用,這對于疫苗和抗體研發具有十分重要的意義,對目前基于S蛋白的血清學診斷試劑研發也有指導作用。 

  據介紹,該系統通過集成冠狀病毒基因與全基因組數據,並整合相似性比對、系統進化分析等工具,實現了全球病毒組學數據集成與標准化的分析挖掘流程,有助于科學家快速進行病毒的變異、溯源、進化等研究,促進國內外冠狀病毒數據彙集與綜合分析及共享。 

  目前,全球冠狀病毒組學數據共享與分析系統中的基因組序列信息,同步也可在新型冠狀病毒國家科技資源服務系統查閱。“下一步,我們会汇聚更多的数据,并进一步增加数据信息的分析和挖掘功能。”马俊才說,“我們会跟科学家结合起来,凝练一些应用这些数据的项目。” 

 

 

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